Acţiunea din seria animată se petrece în galaxia “Războiul stelelor”, în timpul celor trei ani dintre filmele prequel “Atacul clonelor” şi “Răzbunarea Sith”. Yoda (Tom Kane), Anakin (Matt Lanter) şi cavalerii Jedi se luptă în războiul clonelor, mulţi ajungând astfel pe noi planete. Seria examinează războiul dintr-un punct de vedere mai amplu şi se concentrează pe mai multe personaje şi evenimente. Sezonul 6 explorează poveşti cruciale în “Atacul clonelor” şi “Răzbunarea Sith”, precum crearea clonelor şi detalii din spatele Ordinului 66. Palpatine obţine chiar şi mai multă putere, iar Yoda aprofundează natura Forţei.
